1996年7月，经自治区编委批准，成立了宁夏水利工程建设管理局，为水利厅下属的自收自支事业单位（相当正处级），核定编制50名，2005年自治区编委下发文件，将宁夏水利工程建设管理局与宁夏扶贫扬黄工程建设总指挥部合并，组建宁夏水利水电工程管理局，为自治区水利厅管理的正厅级事业单位，原宁夏水利工程建设管理局更名为宁夏水利工程建设中心，为新成立的宁夏水利水电工程建设管理局所属正处级事业单位，保留自收自支事业编制50名。2011年，自治区编委将原宁夏水利水电工程管理局更名为自治区移民局，并调整到自治区发改委管理，其下属单位宁夏水利工程建设中心调整为自治区水利厅管理，其他机构编制事项维持不变。2013年10月，自治区编办下发文件，将宁夏水利工程建设中心再次更名为宁夏水利工程建设管理局，内设综合办公室、规划计划、财务审计科、建设管理科、质量安全科5个正科级机构，其他机构编制事项维持不变。

现有在职职工43人，其中：正高职级工程师1人，高级工程师9人，工程师14人，助理工程师2人，技术工人高级工3人，技师3人，管理人员11人。主要工作职责：组织水利水电工程建设，负责在建水利水电工程建设项目的后续工作，承担水利厅交办的其他工作任务。

宁夏水利工程建设管理局自成立以来，在水利厅党委的正确领导下，团结带领全体干部职工，紧紧围绕全区水利工程建设项目工作，坚持以科学发展观为指导，创新工作理念，强抓水利工程建设项目，谋发展，先后承担水利厅交办的陕甘宁盐环定扬黄共用工程及宁夏专用工程、宁夏扶贫扬黄工程前期工作、宁夏沙坡头水利枢纽工程及北干渠下段（西夏渠）扩建改造隧洞工程、宁夏青铜峡河西灌区唐徕渠与西干渠上段前4.3KM合并改造工程、汉延渠与惠农渠12公里合并改造工程、银北地区打井抗旱工程、银南地区（中卫、吴忠段）黄河治理工程、陕甘宁盐环定扬黄共用工程一至八干渠红墩子隧洞防汛工程、陕甘宁盐环定扬黄续建工程建设任务，为宁夏水利发展事业作出了积极贡献！单位先后获得银川市平安模范单位、银川市兴庆区文明单位、全区建设工程造价管理工作先进集体、引黄灌溉抗旱工作先进集体、宁夏华正水利水电工程建设监理公司负责监理的宁夏扶贫扬黄灌溉一期工程水利骨干工程被评为2009年中国水利优质（大禹）奖。